Церковь расположена в живописном месте, в 8 км. к югу от Новгорода, недалеко от восточного берега озера Ильмень. Примерно в 1,5 км. к востоку от церкви находится устье реки Мста. Храм стоит на небольшой возвышенности, вдали от населенных пунктов и в половодье со всех сторон окружен водой. Согласно летописным данным, церковь Николы построена в 1292 году по заказу новгородского архиепископа Климента на том месте, где, по преданию, в 1113 году была найдена чудотворная икона с образом Николая Мирликийского Чудотворца, приплывшая из Киева и исцелившая князя Мстислава Владимировича.